Microbiota intestinal

La microbiota intestinal es la comunidad de microorganismos que coloniza el tubo digestivo: bacterias, arqueas, hongos y virus, en ese orden de abundancia. El término microbioma se usa a menudo como sinónimo, pero designa en rigor el conjunto de sus genes y de su entorno. La inmensa mayoría de la biomasa vive en el colon, donde el tránsito es lento, el oxígeno escasea y llega lo que el intestino delgado no ha absorbido: fibra, almidón resistente, proteína residual, polifenoles y ácidos biliares.

Se adquiere, no se hereda: la colonización empieza al nacer y se moldea durante los primeros años con el parto, la lactancia, la dieta y los antibióticos, hasta estabilizarse en una configuración adulta que después cambia despacio y, como se verá, de forma cada vez más personal con la edad. Es un ecosistema con homeostasis propia: resiste perturbaciones hasta cierto punto, se recompone después, y cuando la perturbación es sostenida se instala en un estado alternativo del que no siempre vuelve sola. Ese estado alternativo es lo que el campo llama, con más soltura de la que debería, disbiosis.

Este campo arrastra dos cifras equivocadas que aparecen en manuales, charlas y material comercial. La primera es el famoso diez a uno: diez células bacterianas por cada célula humana. Era una estimación informal de 1972 que nunca se verificó. En 2016, Sender, Fuchs y Milo rehicieron el cálculo con datos actualizados y lo publicaron en PLOS Biology: para un hombre de referencia de 70 kilos, 3,8 por 10 elevado a 13 bacterias frente a 3,0 por 10 elevado a 13 células humanas. Del mismo orden. El diez a uno solo sale si se excluyen los glóbulos rojos, que no tienen núcleo pero son células.

La segunda, que esta misma entrada repetía en su primera versión: la microbiota no pesa uno ni dos kilos ni es comparable al hígado. El mismo artículo da la cifra: unos 0,2 kilos de bacterias en todo el cuerpo, alrededor del 0,3 por ciento de la masa corporal. La comparación con el hígado estaba inflada entre siete y diez veces. Y la cifra corregida es un argumento mejor que la falsa: que doscientos gramos de tejido microbiano muevan sensibilidad a la insulina, tono inflamatorio y señalización endocrina es más notable que si pesaran dos kilos. Lo llamativo no es la masa, es la desproporción entre masa y efecto.

La tercera cifra, esta correcta, es la del catálogo genético. La secuenciación metagenómica del intestino humano identificó del orden de 3,3 millones de genes microbianos no redundantes, frente a los 19.000 a 20.000 genes codificantes de proteína del genoma humano. De ahí la expresión segundo genoma, y de ahí que la capacidad enzimática agregada de la comunidad supere en diversidad a la de cualquier órgano propio, incluida la de degradar fibras que ninguna enzima humana toca.

La palabra flora es un residuo del siglo XIX, de cuando se clasificaba a las bacterias como plantas. Además de taxonómicamente falsa, transmite la idea equivocada de un decorado pasivo. La palabra que se usa hoy, órgano, no es una licencia retórica sino una descripción funcional que se sostiene en tres propiedades. Uno: transforma sustratos que el huésped no puede procesar, igual que la conjugación hepática es exclusiva del hígado. Dos: emite señales que actúan a distancia, por la vena porta al hígado y de ahí a tejido adiposo, músculo y sistema nervioso. Tres: tiene homeostasis propia y se puede alterar de forma estable.

Hay dos diferencias con cualquier otro órgano que gobiernan todo lo demás. Es adquirido, no heredado. Y es plástico en escala de días: ningún otro órgano responde a un cambio de dieta en una semana. Esa maleabilidad es a la vez la promesa terapéutica del campo y la razón por la que casi ninguna intervención se sostiene cuando se retira, como se ve en los ensayos de probióticos, fibra y postbióticos.

Esta es la idea más importante de la entrada y la que más resistencia encuentra, porque contradice de frente el modelo de negocio de los tests. La pregunta relevante no es qué bacterias tienes, es qué saben hacer. La dicotomía de bacterias buenas y malas es funcionalmente incorrecta: una misma especie puede ser inocua en un contexto y problemática en otro según su nicho, su abundancia relativa y el estado de la barrera. El caso de Akkermansia lo ilustra: la misma bacteria que se vende como «de la longevidad» degrada moco cuando falta fibra.

Hay una razón técnica por la que la composición decepciona como marcador: la variación entre personas sanas es enorme. Dos individuos igual de sanos pueden compartir una fracción pequeña de sus especies y tener perfiles funcionales muy parecidos, porque distintas bacterias hacen el mismo trabajo. Se llama redundancia funcional, y es la razón de que no exista un microbioma de referencia con el que compararte. Lo que sí describe algo son dos estados: eubiosis, un equilibrio funcional con diversidad suficiente y capacidad de recomponerse; y disbiosis, lo contrario, un término que se usa con más soltura de la que la evidencia permite y que tratamos con el escepticismo que merece en su propia entrada. Entre las especies que sí tienen datos de salud está CAG-170, que ningún probiótico vende.

La microbiota no influye por contacto ni por proximidad anatómica. Influye porque fabrica moléculas que el cuerpo lee como señales, y esas moléculas viajan. Vía 1, los ácidos grasos de cadena corta: la fermentación de fibras no digeribles y almidón resistente produce acetato, propionato y butirato. El butirato es el combustible principal del colonocito y actúa como modulador epigenético; sus productores principales son Faecalibacterium prausnitzii, Roseburia y Eubacterium rectale. El propionato regula la gluconeogénesis hepática y la saciedad vía GLP-1 y PYY; el acetato es sustrato periférico. La diferencia entre producir butirato y tomarlo en cápsula la explicamos en butirato.

Vía 2, los ácidos biliares. La comunidad transforma los ácidos biliares primarios en secundarios, y esa conversión no es metabolismo de descarte: genera moléculas con señalización endocrina a través de dos receptores, FXR, que regula el metabolismo lipídico y glucídico y el propio feedback de síntesis biliar, y TGR5, que interviene en gasto energético y secreción de GLP-1. Cuando cambia la comunidad cambia el perfil de ácidos biliares secundarios, y con él esa señalización. Es una de las conexiones mecanísticas mejor descritas entre intestino y metabolismo de la glucosa.

Vía 3, el sostenimiento de la barrera. Una comunidad funcional mantiene la capa de moco y contribuye a la integridad del epitelio; cuando se deteriora, componentes bacterianos alcanzan la circulación y elevan el tono inflamatorio. El desarrollo completo, con la zonulina y los límites de lo que se puede medir, vive en barrera intestinal, que es la dueña de ese territorio. Aquí basta la consecuencia: microbiota, barrera e inflammaging forman una unidad. Y las tres vías comparten un requisito que es la única palanca dietética sólida de toda esta entrada: sin sustrato fermentable no hay producción.

Casi toda la divulgación habla de bacterias y olvida el tercer dominio de la vida. Las arqueas no son bacterias ni hongos, y en el intestino humano las representa sobre todo una especie, Methanobrevibacter smithii, la arquea dominante del intestino humano. Su papel es de fontanería metabólica: consume el hidrógeno que producen las bacterias al fermentar y lo convierte en metano, que se expulsa como gas. No es un detalle: la acumulación de hidrógeno inhibe las deshidrogenasas bacterianas y reduce el rendimiento de la fermentación, así que quien retira el hidrógeno mejora la cosecha de ácidos grasos de cadena corta del resto de la comunidad.

Cuánta gente la lleva depende de cómo se mire. Con el test de aliento o con PCR convencional, entre el 30 y el 50 por ciento de los adultos dan positivo a metanógenos. Con un protocolo de extracción de ADN mejorado, aplicado a 700 muestras de heces, M. smithii resultó casi ubicua. La lectura es que la mayoría la llevamos y una parte la llevamos en cantidad suficiente para producir metano medible. Una revisión de 2024 la describe con 15 genotipos y en el centro de redes metabólicas con Bacteroides, Prevotella y Ruminococcus, y plantea su papel en patología por asociación, sobre todo en el estreñimiento con metano en aliento, sin que hoy exista un tratamiento dirigido a las arqueas con ensayo detrás. Para el lector de KRECE: no se miden en los tests comerciales de 16S, que solo ven bacterias, y no se compran ni se eliminan con nada que se venda.

El problema no es que los perfiles sean inexactos en lo que miden, es que lo que miden no se traduce en una decisión clínica. Un informe puede decirte que tu abundancia de un género está por debajo de una media, y esa media procede de la propia base de datos de la empresa, no de un estándar validado. Sin un valor normal, un porcentaje no es un resultado. Además la mayoría secuencian el gen 16S, que identifica bacterias y deja fuera arqueas, hongos y virus, y describen una foto de un sistema que cambia en días.

Lo que sí tiene sentido medir es lo que tiene consecuencia clínica: calprotectina fecal si hay sospecha de inflamación, serologías de celiaquía, un test de aliento en un cuadro concreto, y la analítica de inflammaging cuando se sigue un eje de inflamación. Las señales de un intestino dañado que se pueden interpretar, y las que no, las repasamos en su entrada. Un test de microbiota no sustituye a ninguna de esas pruebas, y un protocolo diseñado a partir de él parte de una referencia que no existe.

La disbiosis entró en 2023 como sello propio del envejecimiento en la actualización de los hallmarks of aging, y el dato humano más sólido sobre cómo envejece la microbiota es de 2021, en Nature Metabolism: en tres cohortes con más de 9.000 personas, los microbiomas se vuelven cada vez más únicos con la edad a partir de la madurez, con un empobrecimiento de géneros comunes a casi todo el mundo, sobre todo Bacteroides, y con metabolitos microbianos derivados de aminoácidos que suben en sangre.

Lo relevante es el sentido del cambio. Esa deriva hacia un estado propio aparece en los mayores sanos y falta en los menos sanos; en la cohorte de varones mayores, conservar un dominio alto de Bacteroides o tener un microbioma poco único predijo menor supervivencia a cuatro años. Es una cohorte, no un ensayo, y no dice qué hacer; dice que diversidad a secas es un objetivo mal definido y que el envejecimiento saludable de este órgano no es mantenerlo como a los treinta. Lo que sí se sabe sobre qué lo deteriora está en comida ultraprocesada y en los edulcorantes; y una especie que declina con la edad y se asocia a longevidad tiene su entrada en Bifidobacterium pseudocatenulatum.

La palanca con más respaldo es la más aburrida: variedad de plantas. En el American Gut Project, el mayor estudio de ciencia ciudadana del microbioma, quienes comían más de 30 tipos de plantas a la semana tenían microbiomas más diversos que quienes comían diez o menos, con independencia de que fueran vegetarianos u omnívoros, y con más productores de ácidos grasos de cadena corta como Faecalibacterium prausnitzii. Es observacional y de una cohorte autoseleccionada; el umbral de treinta no es un ensayo, es una orientación. El mecanismo sí es sólido: cada fibra alimenta a bacterias distintas, y la única forma de tener una comunidad con muchas funciones es darle muchos sustratos.

La segunda palanca tiene un ensayo aleatorizado detrás, pequeño y bien hecho. En Stanford, en 2021, 36 adultos sanos se asignaron 17 semanas a una dieta rica en fibra o a una rica en alimentos fermentados. La de fermentados aumentó la diversidad de forma sostenida y bajó marcadores inflamatorios en toda la cohorte; la de fibra aumentó la capacidad enzimática del microbioma para degradar glucanos sin mover la diversidad, y su efecto inmune dependió de la diversidad de partida. Con 18 por brazo es un ensayo de mecanismo, aleatorizado por diseño y pequeño por tamaño, y es de lo mejor que tiene el campo.

Lo que va después, o no va. Los probióticos genéricos no colonizan de forma estable y su efecto, cuando existe, es de cepa y de indicación; lo desarrollamos en probióticos, fibra y postbióticos, incluida la nueva generación de probióticos modificados. El butirato en cápsula no es el butirato que produce tu colon. Y los antibióticos son la perturbación más fuerte que se le puede aplicar a este órgano fuera de la cirugía: en el American Gut, quienes los habían tomado en el último mes tenían menos diversidad que quienes no los habían tomado en un año. La regla operativa de KRECE, con el orden de evidencia respetado: plantas variadas, fermentados diarios, fibra suficiente, y nada más hasta que haya un motivo clínico. El eje completo con la barrera y su protocolo está en intestino permeable.

Esta entrada es el pilar y remite. La barrera y su permeabilidad viven en barrera intestinal; la inflamación crónica, en inflammaging; la relación con la autoinmunidad, en el eje microbiota-autoinmunidad. Las especies con datos propios tienen entrada: Akkermansia, CAG-170 y Bifidobacterium pseudocatenulatum.

Sobre lo que entra por la boca: polifenoles como sustrato, con el café y su efecto sobre la microbiota independiente de la cafeína; matcha y té verde; alimentos fermentados; butirato; y lo que la deteriora, ultraprocesados y edulcorantes. Lo que se puede interpretar de un intestino que da señales, en las cinco señales. Cada una de esas entradas es dueña de su territorio; esta no lo desarrolla.